Output Pipeline ETL FHIR Data Pipes adalah konversi resource FHIR mentah menjadi representasi skema Parquet-on-FHIR. Hal ini dilakukan untuk setiap jenis resource dan mengikuti Aturan Pemetaan Skema FHIR Data Pipes.
File Parquet kolom yang dihasilkan menyediakan 'data warehouse dasar' yang dapat dibuat kuerinya menggunakan alat yang mendukung parquet (misalnya, mesin kueri berbasis SQL) atau diubah lebih lanjut melalui lapisan tampilan menjadi tampilan terwujud.