Proyecto MDAnalysis
Esta página contiene los detalles de un proyecto de redacción técnica aceptado para la
GDOC Season of Docs.
Resumen del proyecto
- Organización de código abierto:
- MDAnalysis
- Redactor técnico:
- lilyminium
- Nombre del proyecto:
- Una guía del usuario estructurada por tema
- Duración del proyecto:
- Larga duración (5 meses)
Project description
Una guía de la biblioteca de MDAnalysis, independiente de la referencia de la API, que incluye lo siguiente:
Una guía detallada de las estructuras de datos que se usan en MDAnalysis. En esta página, se presentarán las clases Atom, AtomGroup y Universe, se incluirán opciones de E/S y se incluirá información para manipular átomos y combinar AtomGroups.
Una página sobre los componentes básicos de Analytics. La clase AnalysisBase, la clase AnalysisFromFunction y las funciones analysis_class forman la base de cualquier análisis definido por el usuario. Vale la pena conocer lo que hace cada clase de forma interna; p.ej., si es análoga a numpy.vectorize.
Página sobre la selección de grupos de átomos con Universe.select_atoms. Tanto los detalles técnicos como el conocimiento de la dinámica molecular detrás de la forma en que se implementa.
Una página sobre topologías. Los usuarios deben comprender la estructura de datos, el uso, la manipulación y el framework para la creación de sistemas.
Una página sobre los métodos de visualización disponibles, tanto para la trayectoria como para los análisis actuales que muestran datos para la visualización.
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Última actualización: 2024-11-08 (UTC)
[null,null,["Última actualización: 2024-11-08 (UTC)"],[[["This project aims to create a comprehensive user guide for the MDAnalysis library, focusing on topics like data structures, analysis tools, atom selection, topologies, and visualization methods."],["The guide will provide detailed explanations of key MDAnalysis classes such as Atom, AtomGroup, Universe, and AnalysisBase, along with practical examples of their usage."],["This long-running project will complement the existing API reference by offering a more user-friendly and topic-oriented approach to understanding MDAnalysis."],["It will empower users to effectively utilize the library for molecular dynamics analysis by providing clear guidance on data manipulation, analysis customization, and visualization techniques."]]],["The core of this project involves creating a user guide for the MDAnalysis library. This guide will include detailed explanations of MDAnalysis data structures like Atom, AtomGroup, and Universe, covering I/O and manipulation. It will detail the underlying AnalysisBase and AnalysisFromFunction classes, alongside `Universe.select_atoms` functionality. The project also covers topologies, focusing on structure, usage, and system construction. Lastly, it will detail trajectory and analysis data visualization methods.\n"]]
