דף זה מכיל את הפרטים של פרויקט כתיבה טכנית שהתקבל בעונה של Google Docs.
סיכום הפרויקט
- ארגון הקוד הפתוח:
- MDAnalysis
- כתב טכני:
- לילימיניום
- שם הפרויקט:
- מדריך למשתמש מובנה לפי נושא
- אורך הפרויקט:
- תקופה ארוכה (5 חודשים)
תיאור הפרויקט
מדריך לספריית MDAnalysis, בנפרד מקובץ העזר ל-API, שכולל:
מדריך מפורט למבני הנתונים שמשמשים לניתוח MD. בדף הזה יוצגו המחלקות של Atom, AtomGroup ו-Universe, ונכלול אפשרויות של קלט/פלט (I/O) וכן מידע על ביצוע מניפולציות על Atom ושילוב של AtomGroups.
דף באבני הבניין של 'ניתוח'. הפונקציות class AnalysisBase, class AnalysisFromFunction ו-Analysis_class הן הבסיס לכל ניתוח בהגדרת המשתמש. כדאי לדעת מה כל כיתה עושה מאחורי הקלעים, למשל, כאשר ניתן להשוות אותה ל-numpy.Vectorize.
דף בנושא בחירת קבוצות של אטומים באמצעות Universe.select_atoms. גם הפרטים הטכניים וגם הידע בדינמיקה המולקולרית מאחורי אופן היישום של זה.
דף בנושא טופולוגיות. המשתמשים צריכים להבין את מבנה הנתונים, את השימוש בהם, את המניפולציה שלהם ואת המסגרת לבניית מערכות.
דף עם שיטות זמינות להצגה חזותית, גם למסלול וגם לניתוחים נוכחיים שמחזירים נתונים להמחשה.