Proyek MDAnalysis

Halaman ini berisi detail project penulisan teknis yang diterima untuk Google Season of Docs.

Ringkasan project

Organisasi open source:
MDAnalysis
Penulis teknis:
lilyminium
Nama project:
Panduan pengguna disusun berdasarkan topik
Durasi project:
Berjalan lama (5 bulan)

Project description

Panduan untuk library MDAnalysis, terpisah dari referensi API, yang menyertakan:

  1. Panduan mendetail untuk struktur data yang digunakan dalam MDAnalysis. Halaman ini akan memperkenalkan class Atom, AtomGroup, dan Universe; menyertakan opsi I/O; dan berisi informasi tentang cara memanipulasi Atom dan menggabungkan AtomGroup.

  2. Halaman di elemen penyusun Analisis. Class AnalysisBase, class AnalysisFromFunction, dan fungsi analysis_class membentuk dasar dari setiap analisis yang ditetapkan pengguna. Apa yang dilakukan setiap kelas di balik layar adalah hal yang patut diketahui, misalnya apakah itu sama dengan numpy.vectorize.

  3. Halaman tentang pemilihan kelompok atom menggunakan Universe.select_atoms. Detail teknis dan pengetahuan dinamika molekuler di balik cara penerapannya.

  4. Halaman tentang topologi. Pengguna harus memahami struktur, penggunaan, manipulasi, dan framework data untuk membuat sistem.

  5. Halaman tentang metode visualisasi yang tersedia, baik untuk lintasan maupun untuk analisis saat ini yang menampilkan data untuk visualisasi.