Progetto MDAnalysis

Questa pagina contiene i dettagli di un progetto di documentazione tecnica accettato per la stagione della documentazione di Google.

Riepilogo del progetto

Organizzazione open source:
MDAnalysis
Technical Writer:
lilyminium
Nome del progetto:
Una guida dell'utente strutturata per argomento
Durata del progetto:
A lungo termine (5 mesi)

Project description

Una guida alla libreria MDAnalysis, separata dal riferimento all'API, che include:

  1. Una guida dettagliata alle strutture di dati utilizzate in MDAnalysis. Questa pagina illustra le classi Atom, AtomGroup e Universe, include le opzioni di I/O e contiene informazioni sulla manipolazione degli atomi e sulla combinazione di AtomGroup.

  2. Una pagina sui componenti di base di Dati. La classe AnalysisBase, la classe AnalysisFromFunction e le funzioni analysis_class formano la base di qualsiasi analisi definita dall'utente. È interessante sapere che cosa fa ogni classe dietro le quinte, ad esempio se è analogo a numpy.vectorize.

  3. Una pagina sulla selezione di gruppi di atomi utilizzando Universe.select_atoms. Sia i dettagli tecnici che le conoscenze di dinamica molecolare alla base del modo in cui viene implementata.

  4. Una pagina sulle topologie. Gli utenti devono comprendere la struttura, l'utilizzo, la manipolazione e il framework dei dati per la creazione di sistemi.

  5. Una pagina sui metodi di visualizzazione disponibili, sia per la traiettoria che per le analisi correnti che restituiscono dati per la visualizzazione.