MDAnalysis プロジェクト

このページでは、Google Season of Docs に承認された技術文書作成プロジェクトの詳細について説明します。

プロジェクトの概要

オープンソース組織:
MDAnalysis
テクニカル ライター:
lilyminium
プロジェクト名:
トピック別に構成されたユーザーガイド
プロジェクトの長さ:
長期実行（5 か月）

プロジェクトの説明

API リファレンスとは別の、MDAnalysis ライブラリのガイド。以下の内容が含まれています。

  1. MDAnalysis で使用されるデータ構造の詳細なガイド。このページでは、Atom、AtomGroup、Universe クラスについて説明します。I/O オプション、Atom の操作、AtomGroup の結合に関する情報も記載しています。

  2. 分析の構成要素に関するページ。ユーザー定義分析の基盤となるのは、AnalysisBase クラス、AnalysisFromFunction クラス、analysis_class 関数です。各クラスが内部で何を行うか（numpy.vectorize に類似しているかどうかなど）を把握しておくと役に立ちます。

  3. Universe.select_atoms を使用して原子のグループを選択するページ。実装方法の技術的な詳細と分子動力学に関する知識の両方。

  4. トポロジに関するページ。ユーザーは、システムを構築するためのデータ構造、使用方法、操作、フレームワークを理解する必要があります。

  5. 利用可能な可視化方法に関するページです。経路と、可視化用のデータを返す現在の分析の両方について説明しています。