MDAnalysis プロジェクト

このページには、Google シーズンのドキュメントで受け入れられているテクニカル ライティング プロジェクトの詳細が記載されています。

プロジェクトの概要

オープンソースの組織:
MDAnalysis
テクニカル ライター:
ユリミニウム
プロジェクト名:
トピック別に構成されたユーザーガイド
プロジェクトの期間:
長時間（5 か月）

プロジェクトの説明

MDAnalysis ライブラリのガイドで、API リファレンスとは別のものです。以下の内容が含まれています。

  1. MDAnalysis で使用されるデータ構造の詳細なガイドこのページでは、Atom、AtomGroup、Universe の各クラスを紹介し、I/O オプションを含むほか、Atom の操作と AtomGroups の組み合わせに関する情報も記載します。

  2. 分析の構成要素のページ。AnalysisBase クラス、 AnalysisFromFunction クラス、analysis_class 関数は、あらゆるユーザー定義の分析の基礎となります。各クラスが内部で行う処理（numpy.vectorize と類似しているかどうかなど）は、知っておく価値があります。

  3. Universe.select_atoms を使用して原子のグループを選択するページ。これを実装する方法の背後にある、技術的な詳細と分子力学の知識の両方。

  4. トポロジのページ。構築システムのためのデータ構造、使用方法、操作、フレームワークを理解する必要があります。

  5. 軌道および可視化のためのデータを返す現在の分析の両方で利用可能な可視化方法のページ。