Ta strona zawiera szczegółowe informacje na temat projektu technicznego przyjęta do programu Sezon Dokumentów Google.
Podsumowanie projektu
- Organizacja open source:
- MDAnalysis
- Pisarz techniczny:
- liminium
- Nazwa projektu:
- Przewodnik użytkownika uporządkowanych według tematu
- Długość projektu:
- Długotrwałe (5 miesięcy)
Opis projektu
Przewodnik po bibliotece MDAnalysis (innym niż dokumentacja interfejsu API), który zawiera:
Szczegółowy przewodnik po strukturach danych używanych w MDAnalysis. Na tej stronie omówione zostaną klasy Atom, AtomGroup i Universe oraz opcje wejścia-wyjścia oraz informacje na temat manipulowania grupami Atom i łączenia ich.
Strona z elementami składowymi narzędzia Analiza. Klasa AnalysisBase, klasa AnalysisFromFunction i funkcje Analysis_class stanowią podstawę każdej analizy zdefiniowanej przez użytkownika. Warto wiedzieć, co każda z klas robi pod makiem, np. czy to funkcja analogiczna do numpy.vectorize.
Strona na temat wybierania grup atomów za pomocą Universe.select_atoms. Zarówno szczegóły techniczne, jak i znajomość dynamiki molekularnej, która leży u podstaw wdrożenia tego rozwiązania.
Strona o topologii. Użytkownicy powinni znać strukturę danych, sposoby jej wykorzystywania i przetwarzania oraz strukturę danych używanych przy tworzeniu systemów.
Strona z dostępnymi metodami wizualizacji, zarówno na potrzeby trajektorii, jak i bieżących analiz, które zwracają dane do wizualizacji.