MDAnalysis projesi

Bu sayfada, Google Dokümanlar Sezonu için kabul edilen bir teknik yazım projesinin ayrıntıları yer almaktadır.

Proje özeti

Açık kaynak kuruluşu:
MDAnalysis
Teknik yazar:
lilyminium
Proje adı:
Konuya göre yapılandırılmış bir kullanıcı rehberi
Proje uzunluğu:
Uzun süreli (5 ay)

Proje açıklaması

API referansından ayrı olarak, MDAnalysis kitaplığıyla ilgili aşağıdakileri içeren bir kılavuz:

  1. MDAnalysis'te kullanılan veri yapıları hakkında ayrıntılı bir kılavuz. Bu sayfada Atom, AtomGroup ve Universe sınıfları tanıtılır, G/Ç seçenekleri açıklanır ve Atom'larla işlem yapma ve AtomGroup'ları birleştirme hakkında bilgiler verilir.

  2. Analysis yapı taşları ile ilgili bir sayfa. AnalysisBase sınıfı, AnalysisFromFunction sınıfı ve analysis_class işlevleri, kullanıcı tanımlı analizlerin temelini oluşturur. Tüm sınıfın neler yaptığını bilmek değerlidir (ör. numpy.vectorize'ya benzer olup olmadığı).

  3. Universe.select_atoms işlevini kullanarak atom grupları seçmeyle ilgili bir sayfa. Hem teknik ayrıntılar hem de uygulamanın arkasındaki moleküler dinamikler bilgisi.

  4. Topolojiler hakkında bir sayfa. Kullanıcılar veri yapısını, kullanımını, işlemeyi ve sistem oluşturmaya yönelik çerçeveyi anlamalıdır.

  5. Hem yörünge hem de görselleştirme için veri döndüren mevcut analizler için kullanılabilen görselleştirme yöntemleriyle ilgili bir sayfa.