Capturez et traitez des données de santé avec la bibliothèque de capture de données structurées

1. Avant de commencer

Ce que vous allez faire

Dans cet atelier de programmation, vous allez apprendre à créer une application Android avec la bibliothèque Structured Data Capture. Votre application utilisera la bibliothèque Structured Data Capture pour afficher et traiter les questionnaires et les réponses FHIR.

Points abordés

  • Intégrer la bibliothèque Structured Data Capture à votre application Android
  • Afficher un questionnaire
  • Obtenir des réponses en tant que QuestionnaireResponse
  • Extraire des ressources FHIR d'un QuestionnaireResponse

Prérequis

Cet atelier de programmation porte sur la bibliothèque de capture de données structurées. Les concepts et les blocs de codes non pertinents ne sont pas abordés, et vous sont fournis afin que vous puissiez simplement les copier et les coller. Si vous n'avez jamais créé d'applications Android, vous pouvez commencer par créer votre première application.

2. Configuration

Télécharger le code

Pour télécharger le code de cet atelier de programmation, clonez le dépôt Android FHIR SDK : git clone https://github.com/google/android-fhir.git

Le projet de démarrage de cet atelier de programmation se trouve dans codelabs/datacapture.

Importer l'application dans Android Studio

Commençons par importer l'application de démarrage dans Android Studio.

Ouvrez Android Studio, sélectionnez Import Project (Gradle, Eclipse ADT, etc.) (Importer un projet (Gradle, Eclipse ADT, etc.)), puis choisissez le dossier codelabs/datacapture dans le code source que vous avez téléchargé précédemment.

Écran de démarrage d'Android Studio

Exécuter l'application de démarrage

Maintenant que vous avez importé le projet dans Android Studio, vous êtes prêt à exécuter l'application pour la première fois.

Connectez votre appareil Android à votre hôte via USB ou démarrez l'émulateur Android Studio, puis cliquez sur Exécuter (Bouton d'exécution) dans la barre d'outils Android Studio.

Application Hello World

Comme vous pouvez le voir, il n'y a pas encore grand-chose ici. Passons donc directement à l'affichage d'un questionnaire dans votre application !

3. Ajouter la bibliothèque de capture de données structurées au projet

Ajouter les dépendances pour la bibliothèque Structured Data Capture

Les dépendances de la bibliothèque Structured Data Capture vous permettent d'intégrer la bibliothèque Structured Data Capture à votre application. Ajoutez les lignes suivantes à la fin du fichier app/build.gradle.kts de votre projet :

dependencies {
    // ...

    implementation("com.google.android.fhir:data-capture:1.2.0")
    implementation("androidx.fragment:fragment-ktx:1.6.0")
}

Synchroniser votre projet avec les fichiers Gradle

Pour vous assurer que toutes les dépendances sont disponibles pour votre application, vous devez synchroniser votre projet avec les fichiers Gradle à ce stade.

Sélectionnez Sync Project with Gradle Files (Bouton de synchronisation Gradle) dans la barre d'outils Android Studio. Vous pouvez également exécuter à nouveau l'application pour vérifier que les dépendances fonctionnent correctement.

4. Afficher un questionnaire

Au cours de cette étape, vous allez ajouter la fonctionnalité à l'application de démarrage pour afficher un questionnaire dans un FragmentContainerView.

Android Studio vous invitera à ajouter les importations nécessaires :

  • androidx.core.os.bundleOf
  • androidx.fragment.app.add
  • androidx.fragment.app.commit
  • android.util.Log
  • com.google.android.fhir.datacapture.QuestionnaireFragment

Étape 1 : Ajoutez un FragmentContainerView

Ajoutez un FragmentContainerView à la mise en page de l'application. C'est ici que s'affichera le QuestionnaireFragment que vous créerez plus tard.

  1. Ouvrez activity_main.xml (res > layouts > activity_main.xml).
  2. Les options associées aux vues Code, Split (Diviser) et Design (Conception) se trouvent en haut à droite de l'éditeur de mise en page.
  3. Sélectionnez la vue Code. Options d'affichage de la mise en page
  4. Comme vous n'avez pas besoin de l'élément TextView, supprimez-le. Veillez à le supprimer entièrement, en commençant par <TextView et en terminant par />.
  5. Ajoutez un FragmentContainerView dans ConstraintLayout. Votre fichier activity_main.xml devrait se présenter comme suit :
    <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
    <androidx.constraintlayout.widget.ConstraintLayout
        xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
        xmlns:app="http://schemas.android.com/apk/res-auto"
        xmlns:tools="http://schemas.android.com/tools"
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="match_parent"
        tools:context=".MainActivity"
    >
    
    <androidx.fragment.app.FragmentContainerView
        android:id="@+id/fragment_container_view"
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="match_parent"
        app:layout_constraintTop_toTopOf="parent" />
    
    </androidx.constraintlayout.widget.ConstraintLayout>
    

Étape 2 : Configurer un QuestionnaireFragment

QuestionnaireFragment nécessite un questionnaire FHIR encodé au format JSON pour s'afficher. Comme le questionnaire est petit (< 512 Ko), vous l'inclurez en tant que String dans un Bundle d'arguments qui seront utilisés pour créer le fragment. Les questionnaires plus longs doivent être fournis au format URI pour des raisons de performances.

Vous pouvez consulter le fichier questionnaire.json si vous le souhaitez, mais l'un des avantages de la bibliothèque Structured Data Capture est que vous n'avez pas besoin de connaître la structure du questionnaire FHIR (ni quoi que ce soit sur FHIR) pour qu'il s'affiche. Vous examinerez ce fichier plus en détail dans la suite de cet atelier de programmation.

Créez une QuestionnaireFragment à l'aide de son compilateur et définissez le questionnaire à l'aide de la fonction setter. Pour afficher QuestionnaireFragment dans le conteneur de mise en page, utilisez FragmentManager pour créer un FragmentTransaction.

Ouvrez MainActivity.kt et ajoutez le code suivant à la classe MainActivity :

// Step 2: Configure a QuestionnaireFragment
questionnaireJsonString = getStringFromAssets("questionnaire.json")

val questionnaireFragment =
  QuestionnaireFragment.builder().setQuestionnaire(questionnaireJsonString!!).build()

Étape 3 : Ajoutez le QuestionnaireFragment à la FragmentContainerView

Pour afficher QuestionnaireFragment dans le conteneur de mise en page, utilisez FragmentManager pour créer un FragmentTransaction. FragmentManager gère l'instanciation à l'aide de questionnaireParams créé précédemment.

Ajoutez le code suivant à la classe MainActivity :

// Step 3: Add the QuestionnaireFragment to the FragmentContainerView
if (savedInstanceState == null) {
  supportFragmentManager.commit {
    setReorderingAllowed(true)
    add(R.id.fragment_container_view, questionnaireFragment)
  }
}
// Submit button callback
supportFragmentManager.setFragmentResultListener(
  QuestionnaireFragment.SUBMIT_REQUEST_KEY,
  this,
) { _, _ ->
  submitQuestionnaire()
}

Découvrez comment utiliser les fragments.

Exécutons l'atelier en cliquant sur Run (Exécuter) Bouton d&#39;exécution dans la barre d'outils Android Studio. Le résultat doit ressembler à ceci :

Questionnaire affiché dans l&#39;émulateur

Parcourez le questionnaire et essayez de saisir des réponses. Différents widgets de réponse sont utilisés, y compris des widgets booléens, de texte et de date, qui ont été rendus automatiquement en fonction du type sous-jacent dans le questionnaire FHIR d'origine.

Techniquement, c'est tout ce que vous avez à faire pour afficher un questionnaire ! Félicitations !

Un questionnaire n'est pas très utile si vous ne pouvez pas voir les réponses saisies par les utilisateurs. Passons à l'étape suivante pour obtenir une réponse au questionnaire.

5. Obtenir une réponse à un questionnaire

Lors des étapes précédentes, vous avez affiché un questionnaire FHIR dans votre application.

Dans cette section, vous obtiendrez les réponses du questionnaire sous la forme d'une QuestionnaireResponse.

Recherchez la méthode submitQuestionnaire() et ajoutez le code suivant :

// Get a questionnaire response
val fragment = supportFragmentManager.findFragmentById(R.id.fragment_container_view)
        as QuestionnaireFragment
val questionnaireResponse = fragment.getQuestionnaireResponse()

// Print the response to the log
val jsonParser = FhirContext.forCached(FhirVersionEnum.R4).newJsonParser()
val questionnaireResponseString =
    jsonParser.encodeResourceToString(questionnaireResponse)
Log.d("response", questionnaireResponseString)

Pour obtenir la réponse au questionnaire, récupérez le fragment de questionnaire créé précédemment, puis utilisez la méthode getQuestionnaireResponse(). Cela renvoie un QuestionnaireResponse HAPI FHIR que vous pouvez utiliser directement ou avec d'autres parties du SDK Android FHIR. Cet atelier de programmation utilise d'autres bibliothèques HAPI FHIR pour le convertir en chaîne JSON à afficher dans le journal.

Exécutez à nouveau l'application pour la reconstruire avec vos dernières modifications. Une fois qu'il est en cours d'exécution, saisissez des informations dans le questionnaire et appuyez sur Envoyer. Dans le journal, vous devriez voir un message contenant le QuestionnaireResponse au format JSON.

D/response: {"resourceType":"QuestionnaireResponse","item":[{"linkId":"PR","text":"Patient information","item":[{"linkId":"PR-name","text":"Name","item":[{"linkId":"PR-name-given","text":"First Name","answer":[{"valueString":"Dani"}]},{"linkId":"PR-name-family","text":"Family Name","answer":[{"valueString":"Lee"}]}]},{"linkId":"PR-birthdate","text":"Date of Birth","answer":[{"valueDate":"1990-02-14"}]},{"linkId":"PR-id","text":"Identifying information","item":[{"linkId":"PR-name-id-url"},{"linkId":"PR-name-id","text":"Patient Id","answer":[{"valueString":"12345"}]}]}]}]}

6. Extraire des ressources FHIR à partir d'une QuestionnaireResponse

Le questionnaire inclus dans le projet de démarrage concerne un flux d'enregistrement de patient simple. Vous pouvez donc utiliser les réponses au questionnaire pour créer une ressource FHIR Patient. Cette conversion d'une réponse à un questionnaire en ressources FHIR est appelée extraction de données. Pour ce faire, nous pouvons utiliser la classe ResourceMapper de la bibliothèque Structured Data Capture.

Pour extraire des données, vous devez créer votre questionnaire de manière à inclure des informations sur la façon de procéder. Heureusement, l'exemple de questionnaire est déjà configuré pour l'extraction basée sur des définitions.

Recherchez la méthode submitQuestionnaire() et ajoutez le code suivant :

lifecycleScope.launch {
  val questionnaire =
    jsonParser.parseResource(questionnaireJsonString) as Questionnaire
  val bundle = ResourceMapper.extract(questionnaire, questionnaireResponse)
  Log.d("extraction result", jsonParser.encodeResourceToString(bundle))
}

ResourceMapper.extract() nécessite un questionnaire HAPI FHIR, que vous pouvez créer en analysant la chaîne JSON du questionnaire à partir de l'étape précédente, et un QuestionnaireResponse, que nous avons déjà obtenu précédemment. Il renvoie un Bundle de transaction HAPI FHIR contenant une ou plusieurs ressources extraites (dans ce cas, une seule ressource Patient).

Exécutez à nouveau l'application pour la reconstruire avec vos dernières modifications. Une fois l'application en cours d'exécution, saisissez des informations et appuyez sur Envoyer. Dans le journal, vous devriez maintenant voir un message extraction result contenant la représentation JSON du Bundle FHIR extrait.

D/extraction result: {"resourceType":"Bundle","type":"transaction","entry":[{"resource":{"resourceType":"Patient","identifier":[{"value":"12345"}],"name":[{"family":"Lee","given":["Dani"]}],"birthDate":"1990-02-14"}}]}

7. Félicitations !

Vous avez utilisé la bibliothèque Structured Data Capture pour traiter les questionnaires et les réponses FHIR dans votre application :

  • Afficher un questionnaire
  • Obtenir une réponse à un questionnaire
  • Extraire des ressources FHIR à partir d'un QuestionnaireResponse

Et voilà !

Au fur et à mesure, vous souhaiterez peut-être utiliser les ressources FHIR de différentes manières dans votre application. Consultez la bibliothèque FHIR Engine du SDK Android FHIR pour découvrir comment stocker et gérer les ressources FHIR localement dans votre application, et synchroniser les données avec un serveur FHIR distant.

Points abordés

  • Ajouter la bibliothèque Structured Data Capture à votre application Android
  • Utiliser QuestionnaireFragment et ResourceMapper pour travailler avec des questionnaires FHIR

Étapes suivantes

  • Consulter la documentation de la bibliothèque de capture de données structurées
  • Personnaliser l'apparence des questionnaires affichés
  • Appliquer la bibliothèque Structured Data Capture dans votre propre application Android

En savoir plus