FHIR Data Pipes היא קבוצה של צינורות ETL לטרנספורמציה של נתוני FHIR לפורמט שתואם ל-SQL, לצורך פיתוח שירותי ניתוח נתונים. צינורות הנתונים של FHIR תוכננו מראש להתאמה לעומס (horizontal scalability) ומציעים כמה אפשרויות לפריסה.
התכונות כוללות:
צינורות עיבוד נתונים (ETL) של Apache Beam כדי להפוך נתונים ממקור FHIR למחסן נתונים (data warehouse) עם סכימה של SQL-on-FHIR, על סמך קובצי Apache Parquet שאפשר להריץ עליהם שאילתות באמצעות SQL (ראו סכימה של Parquet-on-FHIR)
מודול בקרה לניהול צינורות עיבוד הנתונים של FHIR Data Pipes, שמאפשר לשלב יחד צינורות עיבוד נתונים מסוג 'מלא', 'מצטבר' ו'מיזוג'. באמצעות מודול הבקרה אפשר לתזמן עדכונים מצטברים תקופתיים, או להשתמש בלוח הבקרה באינטרנט כדי להפעיל את צינור עיבוד הנתונים באופן ידני.
הטמעה של מפרט SQL-on-FHIR-v2 שמאפשרת להחיל משאבים של ViewDefinition כדי ליצור תצוגות שטוחות בתוך צינורות עיבוד הנתונים (ראו שכבת התצוגה)