MDAnalysis 项目

本页详细介绍了 Google 文档季收录的技术文案项目。

项目摘要

开源组织：
MDAnalysis
技术文档工程师：
lilyminium
项目名称：
按主题编排的用户指南
项目时长：
长时间运行（5 个月）

Project description

MDAnalysis 库指南独立于 API 参考，其中包括：

  1. 有关 MDAnalysis 中所用数据结构的详细指南。本页将介绍 Atom、AtomGroup 和 Universe 类；包含 I/O 选项；并包含有关操控 Atom 和组合 AtomGroup 的信息。

  2. 介绍分析组成要素的页面。AnalysisBase 类、AnalysisFromFunction 类和 analysis_class 函数是任何用户定义的分析的基础。了解每个类在后台执行的操作很有必要，例如，了解它是否类似于 numpy.vectorize。

  3. 介绍如何使用 Universe.select_atoms 选择原子组的页面。技术细节和实现方法背后的分子动力学知识。

  4. 一个介绍拓扑的页面。用户应了解构建系统的数据结构、使用、操作和框架。

  5. 介绍可用可视化方法的页面，包括轨迹和当前分析（会返回可用于可视化的数据）。